Prodi S2 Ilmu Kelautan dan Perikanan adalah program studi strata magister dalam bidang ilmu kelautan dan perikanan. Sarjana Perikanan, Sarjana Ilmu Kelautan serta sarjana dari berbagai disiplin ilmu terkait dapat menjadi mahasiswa untuk memperoleh gelar M. Si. di bidang ilmu kelautan dan perikanan. Mahasiswa dapat mengembangkan penelitian tesis sesuai dengan disiplin ilmu asalnya.